آیت الله حاج سیٌد محمد جواد مکنٌی به ابوجعفر ، ابن حاج سید اسدالله ابن آقا سیٌد محمٌد ابن سید علیرضا آیت اللهی و از سوی مادر ، فرزند بی بی بنت آیت الله العظمی حاج شیخ عبدالرضا ابن آیتالله حاج شیخ ملامحمد هادی که وی از نوادگان مرحوم آیت الله العظمی آخوند ملا اسماعیل عقدائی یزدی بوده است
وی از طرف مرحوم حجت الاسلام والمسلمین حاج سید محمد آیت اللهی به سادات طباطبایی واز طرف والده ی پدر مکرمشان به امام جعفر صادق علیه السلام میرسند.
ایشان در26 خرداد 1349 شمسی در شهر یزد متولد شدند . از همان دوران کودکی از استعداد و حافظه ای قوی برخوردار بودند چنانکه در 6 سالگی بخش زیادی از قرآن کریم را از حفظ داشتند . از ده سالگی و در اوج انقلاب اسلامی ایران ، ضمن سایر تحصیلات ، نزد پدر بزرگوارشان به تحصیلات مقدماتی علوم دینی پرداختند . پس از مدتی وارد حوزه علمیه یزد شدند و در مدرسه خان سکنی گزیدند .
مقدمات و بخشی از سطح را نزد استادانی چون حجج اسلام و حضرات آیات حاج شیخ محمدباقر صمدی ، حاج شیخ مرتضی میرزائی ، حاج شیخ غلامرضا ریسمانیان ، شیخ محمد رحیمی ، حاج شیخ میرزا حسن ابوترابی ، حاج سیٌد صدر الدین طباطبائی و حاج شیخ محمود علومی فرا گرفتند ؛ و در 14 سالگی در حرم مطهر حضرت ثامن الائمٌه حضرت امام علی ابن موسی الرضا (ع) به دست پدر بزرگوارشان به لباس روحانیت ملبس شدند .
آنگاه به منظور ادامه تحصیل رهسپار حوزه علمیه قم شدند و سطح عالی را نزد حضرات آیات اعتمادی ، محمدی ، دوز دوزانی ، پایانی ؛ و موسوی تهرانی به پایان بردند . و در شرایطی که بیش تراز 20 سال از عمر شریفشان نگذشته بود در حوزه درس خارج فقه و اصول بزرگانی چون آیات عظام حاج فاضل لنکرانی،وحید خراسانی، ناصر مکارم شیرازی ، سبحانی ، حاج شیخ ابو الفضل خوانساری ، میرزا جواد تبریزی شرکت جستند و بارها از سوی ایشان مورد تشویق و ترغیب قرار گرفتند .
آیت الله حاج سیٌد محمد جواد آیت اللهی همچنین به مدت هفت سال در درس تفسیر حضرت آیت الله العظمی جوادی آملی شرکت می فرمودند .
شرح منظومه و اسفار را نزد آیت الله عباسی آموختند و از محضر درس اخلاق و عرفان آیت الله العظمی بهاء الدینی ،علامه حاج سید عباس کاشانی، شب زنده دار و احمدی میانجی بهره مند گردیدند .
ایشان علاوه بر اخذ اجازه روایت از آیت الله العظمی بهاء الدینی ، آیت الله العظمی فاضل لنکرانی ، آیت الله العظمی سید محمد هاشمی ، آیت الله العظمی حاج سیٌد عباس کاشانی و نهایتا" آیت الله العظمی حاج شیخ جلال الدین آیت اللهی تفتی یزدی اجازاتی نیز در زمینه امور حسبیه از تمام مراجع بزرگوار دریافت داشتند .
از اولین تعلیفات ایشان میشود به دو اثر زیر اشاره کرد:
- اتمام الفائده فی تفسیر المائده
- کلیمة فی الاجماع و کلیمة فی الولایة *
ایشان دراواخر سال 1376 شمسی/ 1418 قمری پس از درگذشت پدربزرگوارشان و به دنبال ارسال طومارهائی از اهالی یزد به حضور برخی از مراجع عظام رفته و در خواست مراجعت شان به یزد به وطن اصلی خود را مطرح نمودند ، که مورد استقبالی شایان قرار گرفتند ، و ازاوائل سال 1377 شمسی علاوه بر اقامه نماز جماعت در مسجد مصلای عتیق و سر دوراه به تدریس فقه، اصول و کلام در مقطع سطح، در حوزه علمیه یزد نیز مشغول شدند .
ایشان از سال 1390 به عنوان امام جمعه موقت یزد منصوب شده اند .وبه ارشاد و راهنمایی مردم دارالعباده مشغول گشتند